Vier Jahre nach Isaacs Geburt in Warschau am 8. Mai 1923 verließ der Vater die Familie, und der Junge wuchs mit seiner Mutter und Schwester sowie einer Tante mit sieben Töchtern in ärmlichen Verhältnissen auf. Ab 1934 lebte er während der Woche im Waisenhaus von Janusz Korczak, kehrte aber an den Wochenenden in die säkular-sozialistisch orientierte Familie zurück. Bei Korczak beteiligte er sich an künstlerischen Projekten und fand nach der Flucht in den sowjetisch besetzten Teil Polens, nach Białystok, Anschluss an die Kunstszene. Er begann zu zeichnen und zu malen, bis die Wehrmacht im Krieg gegen die Sowjetunion 1941 Białystok eroberte und die jüdische Bevölkerung im Ghetto durch Terror und Hunger zu vernichten begann.
Beim Aufstand gegen die endgültige Liquidierung des Ghettos verlor er seine Schwester und seine Mutter; er sah sie nie wieder. Später verewigte er sie in vielen Frauenfiguren seines Werks. Mit wenigen jüdischen Männern wurde er als Zwangsarbeiter über das KZ Stutthof nach Auschwitz III-Monowitz deportiert; die Häftlingsnummer 171870 wurde ihm eintätowiert. Er überlebte wohl auch, weil er einem Malerkommando mit weniger schwerer Arbeit zugeteilt wurde. Wie er sich später erinnerte, scheint er Materialien zum Malen bekommen zu haben, um Skizzen oder Illustrationen für Kapos anzufertigen. Im Chaos bei der Räumung von Auschwitz und auf den Todesmärschen gelangte er im Frühjahr 1945 nach mehreren Stationen in das KZ Flossenbürg.
Isaac Celnikier hatte bereits mehrere Arbeitslager als Zwangsarbeiter und mehrere Konzentrationslager als Gefangener hinter sich, als er mit dem ersten Todesmarsch, dem Bahntransport jüdischer Gefangener, das Hauptlager Flossenbürg in Richtung KZ Dachau verlassen musste. Als die Lokomotive bei einem Fliegerangriff zerstört und Isaac schwer verwundet wurde, ließ man ihn bei den Todkranken und Sterbenden liegen, während die noch Gehfähigen weitergetrieben wurden. Dieses Endzeitchaos hat tiefe Spuren in seinem Gedächtnis hinterlassen und wurde von ihm immer wieder als Motiv aufgegriffen. Rechtzeitig retteten ihn die ersten GIs, und sein Bein konnte in einer Notoperation vor der Amputation bewahrt werden.
Auch nach der Befreiung kam er nicht frei, sondern in ein sowjetisches Internierungslager für politisch Verdächtige. Auch dort wurde seine künstlerische Begabung ausgenutzt, diesmal als Porträtmaler sowjetischer „Sieger“. Allerdings wurde er wegen möglicher Kollaboration mit den Nazis zu zehn Jahren Arbeitslager in der Sowjetunion verurteilt. Kurz vor der Deportation gelang ihm jedoch die Flucht nach Prag.
Von dort begab er sich im Dezember auf die Suche nach seiner Mutter und seiner Schwester in Białystok, das völlig zerstört war. Fast alle Ghettobewohner, darunter seine Familie, die gesamte Verwandtschaft und fast alle Bekannten, waren bei der Auflösung des Ghettos von Wehrmacht und SS liquidiert worden. Traumatisiert kehrte er zu Freunden nach Prag zurück. Er bekam an der Hochschule für Kunstgewerbe einen Studienplatz und studierte dort von 1946 bis 1951 bei Emil Filla, selbst ein Überlebender der Konzentrationslager Dachau und Buchenwald und gleichzeitig einer der wichtigsten Vertreter der Moderne in der Tschechoslowakei.
Nach dem Diplom ließ er sich 1952 als Künstler in Warschau nieder und beteiligte sich an den Aktionen und Ausstellungen einer neuen, jungen Kunstszene. Vor allem sein Werk „Das Ghetto“ wurde beachtet und erhielt einen Preis, der ihm auch ein Auslandsstipendium in Paris ermöglichte. Dort fand er schnell Anschluss an die Kunstszene. Angesichts wachsender antisemitischer und politischer Spannungen in Polen blieb er in Paris. Frankreich wurde sein neuer Lebensmittelpunkt.
Bereits zehn Jahre später wurde er von Kultusminister André Malraux zum Ritter des Ordens „Arts et Lettres“ ernannt. In dieser Zeit begann eine neue Phase der Erinnerungsbilder in mehreren grafischen Zyklen, die ihn zusammen mit seinen großformatigen Porträts und Frauengestalten berühmt machten. Er konnte in ganz Europa, aber auch in den USA und in Israel ausstellen. Seine Werke hängen heute in wichtigen Museen auf der ganzen Welt.
Isaac Celnikier starb nach langer Krankheit an den lebenslangen Folgen von Zwangsarbeit und KZ-Gefangenschaft sowie seiner schweren Verletzung auf dem Todesmarsch am 11. November 2011 in seinem Haus bei Paris.
